L'actuelle église d'Espéraza, de style roman, est construite au XIII^e siècle au bord de l'Aude. Elle a pour patron, Saint-Michel. En 1575, elle est entièrement détruite lors des combats qui opposent la population aux protestants qui se sont retranchés dans le village. Elle est reconstruite dans la première moitié du XVII^e siècle. Les travaux se termineront en 1664. Au XIX^e siècle le mur de protection, côté rivière, est construit et l'entrée au pied de la tour est murée du côté de la place Rouget de l'Isle.

En novembre 1956, lors de la réparation du clocher, une fresque datant du XVIII^e a été mise à jour dans le passage vers la sacristie. Elles ont fait l'objet d'une rénovation.

L'église a été complètement rénovée entre 1995 et 2007 sous la municipalité LAFITTE. En 2003, une statue de Saint-Jean Baptiste, sans doute du XVIII^e siècle, a été découverte sous les pavages du choeur.